HJKKSのメモ

エクセルで統計処理 出先でエクセルで簡単な統計解析を行う–記述統計量、t検定、相関係数 相関係数の有意差の有無を知る–相関係数検定表 多重比較を考える 多重比較－なんのため、どんな時に行う？ 多群間比較での多重比較－One-way ANOVA後のpost-hoc test 複数の相関を調べた時の多重比較－BonferroniとFDR 【お遊び】多群間比較の多重比較にBonferroni法やFDR法を用いてみる 多変量解析 因子分析の抽出法・回転法 心理検査を考える 検査の信頼性の評価 高校数学で語る統計 高校数学で語るp値（前編） 高校数学で語るp値（後編） その他 統計解析結果の論文での書き方（ガイドライン） わかりやすい医学統計の報告-医学論文作成のためのガイドラインposted with ヨメレバ大橋靖雄 中山書店 2011-08-19 AmazonKindle楽天ブックス楽天kobo 少し統計に関するメモが増えてきたので、私自身の検索効率向上のためにメニューを作成しました。統計について身につけるためには、教科書的な勉強の他に、実際に知りたい検定を行っている論文を読んでみること、試しに自分の手持ちのデータでやってみること、が大切だと思っています。そのようなメモを続けられたらと思っています。

今回は興味本位にやってみた実験です。 前回（複数の相関を調べた時の多重比較－Bonferroni法とFDR法）、Bonferroni法はαエラーを少なくするために非常に保守的なため、統計的有意差が出なかった場合に、「帰無仮説は棄却されない」ではなく、「帰無仮説の棄却は保留」と考えるべき、と記述しました。では、FDR法とBonferroni法では、どれくらいの差があるのでしょうか。 そのために、前々回（多群間比較での多重比較－One-way ANOVA後のpost-hoc test）行った多群間比較での多重比較をBonferroni法とFDR法で行ってみて、Tukey-Kramer法での多重比較と結果がどう違うかを見てみたいと思います。 目次 前々回のデータのおさらい：ANOVAからpost-hoc test t検定の繰り返しの結果をBonferroni法、FDR法で補正 多く使われている方法を使いましょう 関連記事 スポンサードリンク 前々回のデータのおさらい：ANOVAからpost-hoc test 前々回、各曜日での歩数の違いを7群間で比較するのに、1.One-way ANOVAで7群の間に違いがあることを調べてからpost-hocとしてTukey-Kramer法で多重比較、2.7C2=21組のペアの違いをt検定を21回繰り返し検定、という2つの方法を行って比べま…

前回（多群間比較での多重比較－One-way ANOVA後のpost-hoc test）は多群間比較の際の多重比較を確認しました。一方で、多重比較は前々回（多重比較－なんのため、どんな時に行う？－）も述べたように、ANOVA後のpost-hoc以外の場面でも、複数の検定を行った場合に常に意識しなければならないものでした。例えば、「複数の変数の相関を調べる」という場面があり、前々回紹介した論文には「161個もの相関係数を調べたため多重比較した」というものもありました。 このような場面では、t値やF値を利用せず、p値をそのまま利用して多重比較を調整するBonferroni法、False Discovery Rate（FDR）法が利用しやすく、よく用いられています。 比較的簡単に運用できる多重比較なのですが、欠点もあることを認識しておく必要があります。実例を見ながら両者の特徴を見てみましょう。 目次 ごく単純にできるBonferroni法 少しの工夫でできるFDR法 7つの相関係数を調べる 実例：Bonferroni法による多重比較 実例：FDR法による多重比較 Bonferroni法とFDR法、どちらを用いる？ 関連記事・参考文献 スポンサーリンク ごく単純にできるBonferroni法 Bonferroni法はごく単純で、検定数がNだった場合、有意水準…

前回（多重比較－なんのため、どんな時に行う？）の続き。 複数の検定を行う際には、FWE rateが上昇するため、多重比較を行う必要がありました。最も典型的なパターンが、3群以上の群間比較を行う場面です。 例えば、AとBとCの3群について、全ての2群の組合せで群間比較を行った場合、A vs B、B vs C、C vs Aという3回の統計を行うことになるため、仮に3群に有意差がなくてもこの3つの統計のうち少なくとも1つのp値が0.05となってしまう確率は、 3回検定を行い、少なくとも1つが偶然p=0.05となる確率1-(1-0.05)3=0.14 と14%程度の確率で起こってしまうことになっていました。これを正しく有意水準0.05で抽出するために、多重比較を行う必要がありました。 今回は、このような多群比較を行う際によく用いられる、 One-way ANOVA後のpost-hoc testを行う によって、多群における2群間比較を全てStudentのt検定で行った場合とどう結果が変わるかを見たいと思います。 目次 7群の多重比較をする–ANOVAからpost-hocへ 21個の検定を個別にStudentのt検定で行うと 注意 関連記事・参考文献 スポンサーリンク 7群の多重比較をする–ANOVAからpost-hocへ 以前の相関係数につい…

扱うデータが膨大になり、多重比較補正が統計解析の嗜みとして当たり前になっています。 その反面、なぜ多重比較補正をしなければならないのかがよくわかっていない、という院生が多いように感じます。 今回はなぜ多重比較補正をするのかを簡単にまとめつつ、実際に多重比較補正を行なっている論文の例を挙げていきます。 目次 familywise errorとは 多重比較を行う場面 各種の多重比較補正を行なっている論文の例 年々多重比較補正を行っている論文数は増加 関連記事 スポンサーリンク familywise errorとは 統計を行う上で、多重比較の問題を扱う必要があることがあります。例えば、有意水準をα=0.05に設定し、3つの検定を行ったとして、帰無仮説を仮定した上で、その3つの検定のうち少なくとも1つのp値が0.05となる可能性は、 3回検定を行い、少なくとも1つが偶然p=0.05となる確率1-(1-0.05)3=0.14 と、実際に差がなくても14%の確率で起こるわけです。このように、検定を繰り返した結果、全体として何らかの帰無仮説を棄却する結果が出てαエラーが増大することをfamilywise error（FWE）と言います。 最近の研究では、その評価項目は多岐にわたるため、10以上の項目について検定を行い、p値を求めていることは非常に多いため、F…

最近知人と話題になった話のひとつに、howeverとbutの違いというものがあります。howeverとbutはどちらも「しかし」というニュアンスで、一見違いがないようにおもいますが、決定的な違いがあります。英語で論文を書く際にもその違いを理解しておくことは必要です。さらにこの違いをきちんと認識し、howeverを積極的に使うようになると、長い複文を短くて分かりやすい文章に分割するきっかけになるかもしれません。その異なる点をいくつかの視点でみていきます。 目次 そもそも品詞がちがう 会話か、文章か howeverを文の途中に持ってくる 関連記事・参考文献 スポンサードリンク そもそも品詞がちがう まず、howeverとbutは品詞が違うことを念頭におくことが重要です。それを理解しておけば基本的な使い方の違いが理解できます。 however副詞 but接続詞 howeverとbutの使い分けが難しいと感じている方の多くは、この違いを見ただけでああそうか、となるのではないでしょうか。つまり、butは接続詞のため、節と節をつないで複文を作ることができるが、howeverは副詞なので、節と節をつなぐことはできない、ということです。 ではhoweverは何に対して「しかしながら」なのかというと、howeverの1つ前の文章になります。 butの使い方 正I like sushi but …

macにしろWindowsにしろ、作業効率を上げる上で、ショートカットキーの有効活用は一つのポイントかと思います。単純なところでコピー＆ペースト、少し複雑なところではスクリーンショットなど、様々なショートカットキーがあります。 OSのようなシステムそのものにおけるショートカットキーだけでなく、アプリ特有の便利なショートカットキーも多くありますが、そもそも使いこなす以前に、どのようなショートカットキーがあるかわからない、調べるのも面倒、という壁にぶつかります。 そんな中、macに置いて、使用しているソフトのショートカットキーが簡単に一覧表示できるアプリがあります。それがこちら。 CheatSheet インストールしたら後は簡単、 「command」キーを長押しすると、アクティブになっているソフトのショートカットキーの一覧が表示されます。 いろいろなところで紹介されている有名なアプリですが、macを用いている方全て、もちろん、macを研究に使っている方にもオススメのアプリです。

前回の英単語リスニング編で紹介したアプリは未だにほぼ毎日、200単語程度の学習が続けられています。大学受験以来の英語の勉強が続いています。 しかし、語彙を増やすことは重要ですが、単語のリスニングだけでは当然実用的なリスニングには問題があります。そこで、今度は短いやり取りのリスニングに使えるアプリを探しました。 しかし、自分の毎日のスケジュールを考えた時に、さらに英語学習に使える時間と考えた時に、片道30分程度の車での通勤時間しか思いつきませんでした。そんなわけで今回は、 ある程度の会話のリスニングができる 車の運転中に聞くので、自動的に連続して流れてくれる できれば多少は日本語も言ってくれたら嬉しい という条件で探しました。またまた2週間ほど前から使っていて、ほぼ毎日通勤の往復で聴けているのがこのアプリ。 Real英会話 開発元:LT Box Co., Ltd. ¥480 posted with アプリーチ …

論文の投稿規定を見ていると、referenceの書式について指定されている際に、「掲載雑誌名は"Index Medicus"に従え」と書かれていることが多いかと思います。このIndex Medicusとは、論文雑誌の略称規則のことです。 例えば、 "ACTA NEUROLOGICA SCANDINAVICA" という雑誌のIndex Medicusによる略称は "Acta Neurol Scand" になります。 基本的にはreferenceはEndNoteや前回紹介したMendeleyを用いて作ると思いますので、これを用いていれば必要な場合は自然とIndex Medicusによる略称に変換してくれているので気にする必要はありません。しかし、何らかの理由でこれらのソフトを用いず、自分で記載する場合には、一つ一つ気にする必要があります。 Index Medicusについては、Index Medicusのサイトで検索することができますので、必要な場合はこちらを利用しましょう。 ちなみに、海外の医学論文雑誌の投稿規定へのリンクを集めた海外医学雑誌投稿情報　投稿規定ネットという日本語サイトもあります。もし、目的の論文雑誌の投稿規定の場所がよくわからない場合は、こちらを参照してみてください。

論文で最後に乗せるreferenceリストですが、雑誌によって書き方が多少違ったり、一般的にorignal article一本あたり30前後のreferenceがあることを考えると、いちいち自分で作っていては埒があきません。基本的にreferenceリスト生成ツールを用いて行うのがミスもなく便利です。 ポピュラーなのが、 有料のEndNote 無料のMendeley かと思います。私のような貧乏大学院生は当然、無料のMendeleyを用いているわけですが、特に困るどころか、referenceリスト生成以外の機能でもとても重宝しています。 Mendeleyのいいところは、 論文pdf閲覧ソフトとしても十分 論文pdf管理ツールとしても十分 デスクトップ用ソフト、iOS用アプリ、Web上アプリがあり、同期可能 グループで共有可能 referenceリストを作れる だなぁと思っています。 Mendeleyのクイックリファレンスも公開されていて、これだけで十分使うことができます。 スポンサードリンク pdf閲覧ソフトとして 単純にpdf閲覧ソフトとして最低限の機能を備えていると思います。例えば文書にマーカーを引く、コメントを挿入する、などが普通に可能です。 多少、コメントを入れたりした際に、それを含めた印刷結果がかっこつかないと感じますが、そもそも印刷することがほとんどないので気になりません。 …